Vesistöillä on keskeinen merkitys Kangasalan maisemassa. Kunnan pinta-alasta noin neljännes on vettä. Pääosan vesipinta-alasta muodostavat kolme suurinta järveä: Roine, Längelmävesi ja Vesijärvi. Kangasalan kunnan alueella sijaitsee toistasataa järveä ja lampea.

Kangasalan järvien tila vaihtelee suuresti. Linturikas Kirkkojärvi on voimakkaasti rehevöitynyt, mutta toisaalta Heramaanjärvi, joka on Kangasalan arvokkaimpia pienvesiä, on lähes luonnontilainen ja erittäin karu. Sen vesi on kirkasta, ja kesällä järven näkösyvyys on noin 8 metriä. Vastaavia arvoja ei ole juuri mitattu muista Kokemäenjoen vesistöalueen järvistä. Kangasalan 85 järvestä on käytettävissä vedenlaatutuloksia. Lisätietoja järvistä on saatavilla kunnan ympäristönsuojelusta ja seuraavasta linkistä: Kangasalan järviselvitys.

Kangasalan kunta on mukana valtakunnallisessa leväseurannassa. Kangasalla leväseurantapisteitä on neljä - Kirkkojärvi, Roine, Ukkijärvi sekä Vesijärvi. Seurantaa suoritetaan kesäkuun alusta elokuun loppuun.

Kangasalan järvien tarkkailusuunnitelma (pdf 8 kB) on laadittu vuosille 2008 – 2017. Siihen on sisällytetty 32 järveä, joihin kohdistuu ulkopuolista kuormitusta, esimerkiksi rantarakentamista tai maatalouden päästöjä. Suunnitelman mukaisen näytteenoton tarkoitus on selvittää perustutkimuksin järvien veden laatua ja käyttökelpoisuutta. Vedenlaatua seurataan järvestä riippuen 2 – 10 vuoden välein. Tarkkailusuunnitelman ulkopuolella tullaan ottamaan vesinäytteitä aiemman käytännön mukaisesti.

Kangasalan kunnan pohjavesialueet sijaitsevat pääasiassa kunnan läpi kulkevalla saumamuodostumaksi luokitellulla harjujonolla. Pohjavesialueet ovat: Kirkkoharju (II-luokka), Vehoniemenharju (I-luokka), Riku (I-luokka), Välimaa (III-luokka), Lintusyrjä (I-luokka), Vuortenharju (III-luokka), Kuhmalahden Kirkkoharju (II-luokka) ja Harju (III-luokka).

Kangasalan kunnan pohjavesialueiden suojelusuunnitelman (pdf 1.4 MB) päivitys valmistui 2006. Suojelusuunnitelman tavoitteena on hyvälaatuisen pohjaveden saannin turvaaminen yhdyskunnan käyttöön sekä tasapainon säilyttäminen pohjaveden muodostumisen ja vedenoton välillä. Suunnitelma sisältää ohjeita ja toimenpiteitä, joilla pyritään poistamaan ja vähentämään pohjavettä uhkaavia tekijöitä ja ennaltaehkäisemään uusien riskitekijöiden sijoittumista pohjavesialueille.

Kangasalan kunnan pohjavesialueiden suojelusuunnitelman liitteet:
- Liite 1: Kangasalan pohjavesialueet (pdf 166 kt)
- Liite 2: Rikun ja Kirkkoharjun pohjavesialueet (pdf 237 kt)
- Liite 3: Vehoniemenharjun pohjavesialue (pdf 202 kt)
- Liite 4: Vehoniemenharjun - Isokankaan pohjavesialue (pdf 2,04 Mt)
- Liite 5: Välimaan pohjavesialue (pdf 105 kt)